O ile rekuperator jest sercem wentylacji mechanicznej, o tyle system sterowania, czyli odpowiednie sterowniki są jego mózgiem. Automatyka systemu rekuperacji nie tylko jest jego uzupełnieniem, ale w znacznym stopniu zwiększa jego wydajność i pozwala na możliwie najbardziej racjonalne wykorzystanie energii. Dzięki temu można oczywiście więcej zaoszczędzić, ale także wydłużyć żywotność rekuperatora. Systemy sterowania na rynku dostępne są w bardzo wielu wariantach, od tych najprostszych, pozwalających jedynie na przełączanie pomiędzy kilkoma trybami pracy wentylatorów, po bardziej skomplikowane systemy, w których na bieżąco kontrolowana jest temperatura, czy poziom zanieczyszczeń w powietrzu.